DNAを構成するヌクレオチドの結合順序（塩基配列）を決定するDNAシークエンシング のこと。塩基依存的にDNA断片を作製し、その長さを比べることで塩基の順序を知る方法。これはDNA複製酵素であるDNAポリメラーゼを用いて末端が特定の塩基に対応するDNA断片を合成する方法でまずプライマーとして配列を読みたい1本鎖DNAの特定の位置に相補的なオリゴヌクレオチドを使うことで、DNA合成の開始点を1ヶ所に決める。そこからDNA合成を始めて、それぞれの塩基に対応する位置で合成が止まる様な反応系を使うことで、塩基特異的なDNA断片が得られる。