CRISPR(クリスパー)がゲノム上の狙った部位に結合して、ハサミ役のCas9がその先を切断し、遺伝子を変異させるCRISPR/Cas9というシステムがよく使用されるがgRNAの20塩基中1塩基とか2塩基が違う(あるいは相同率90%以上)、という程度のよく似た塩基配列がある場合、誤って結合し、その先のDNAを切って本来望んでいない変異を引き起こす場合がある。