CRISPRの系において，Cas9やCpf1タンパク質を染色体上の標的DNA配列に導くRNAのことであり，CRISPRのDNA配列特異性を決める．元来，SpCas9のgRNAは約20塩基の標的DNA配列を認識するcrRNA（CRISPR RNA）とCas9への結合の足場となるtracrRNA（trans-activating crRNA）の2種のRNA分子からなる．しかし，簡便性の面からそれらを結合して1つにしたsgRNA（single guide RNA）が用いられる場合が多い．一方，Cpf1の場合にはcrRNAのみでgRNAとして機能する。