数十塩基対の短い反復配列を含み、原核生物における一種の獲得免疫系として働く座位。配列決定された細菌の40%、および配列決定された古細菌の90%にみられる。CRISPRのDNA切断機構は遺伝子工学的応用にも用いられる。II型CRISPR-Casシステムを構成するCas9がRNA依存性のDNAエンドヌクレアーゼであることから、生化学的にCas9による標的DNAの切断が可能である。そのため細胞のCRISPR-Cas9システムによるゲノム編集が使用されている。