Stereo-seq高解像度空間トランスクリプトーム受託解析サービス
“どこで発現しているか”を可視化する空間トランスクリプトーム解析
サービス概要
Stereo-seq は、組織切片上の位置情報を保持したまま遺伝子発現を解析する空間トランスクリプトーム解析技術です。 従来のバルク RNA-seq やシングルセル RNA-seq では、細胞や組織内で 「どこで遺伝子が発現しているか」 という空間情報は失われていました。 Stereo-seq では、組織構造を保持したまま遺伝子発現情報を取得することで、遺伝子発現の空間的な分布や組織内での違い を解析することが可能です。
●高分解能＆広視野 1細胞当たり約200スポットの分解能を実現しています。 提供するチップサイズは10mm四方で、広範囲の解析が可能です。 ●ヒト・マウス以外の生物種にも対応 Poly-Aキャプチャー方式を採用しており、ヒト・マウスに限らず解析が可能です。 ●使いやすい専用ツールでデータを可視化 専用ツール「Stereo-Map」により、データの統合表示が可能です。 目的に応じた解像度の変更やクラスタリング、各細胞での遺伝子数の確認などを簡単に行うことができます。
解析法
【受託解析の流れ】 ① サンプルご提出 ・RNA QC用サンプル（Total RNAまたは切片） ・条件検討用切片（P Chipスライド） ・解析用切片（T Chipスライド） ② 事前条件検討 （②以降はダナフォームにて実施） ・RNAQC（品質確認） ・透過処理時間の決定 ③ イメージング・ライブラリー作製 ・顕微鏡によるイメージ取得 ・Poly-Aキャプチャー、ｃDNA合成 ・ライブラリー作製 ④ シーケンシング ・DNBSEQによるシーケンシング ⑤ インフォマティクス解析 ・SAWによる統計解析 ・Stereo Map用データの作成 ⑥ 解析済みデータ納品 ・USBまたはHDD ・解析レポート ・Stereo Map使用法ガイド
備考
【ご用意いただくサンプル】 ●対応可能なサンプルは新鮮凍結またはPFA固定された組織切片となります。 本解析用切片（1枚） ：実際の解析に用いる切片です。解析用チップスライド（T chipスライド）にマウントしてお送りください。 条件検討用切片（4枚）：透過処理時間の検討に用いる切片です。解析用チップスライド（P chipスライド）にマウントしてお送りください。 RNA品質評価サンプル：切片を作成したのと同じブロック由来の組織片、またはそこから抽出したTotal RNAをお送りください。 ※ 切片はOCTコンパウンドを用いて厚さ10μmにスライスしてください。 チップにマウント、専用アダプターを用いて乾燥後に冷凍し、ドライアイス詰め冷凍便によりご提出ください。 ●スライドは条件検討用(P chipスライド)と解析用(T chipスライド)の2種をお送りください。