Dovetail® HiChIP MNase キット/受託サービス
#21007/#25004/#25010
MNaseを用いた近接ライゲーションに、クロマチン免疫沈降（ChIP）による目的DNA結合因子のエンリッチを組み合わせたアッセイです。受託サービスもあります。
製品説明
〇MNaseによる均一な断片化で超高解像度Hi-C Micrococcal Nuclease （MNase） 消化で得られる非常に均一で短い断片により、ヌクレオソームレベルの最高解像度でクロマチンコンタクト情報の取得が可能です。 〇ロングレンジインタラクション情報のキャプチャ TAD、ループ解析などエピジェネティクス研究を更に向上します。 〇13種類の検証済み抗体ですぐに導入が可能 IgG, CTCF, H3K4ac, H3K4me3, H3K14ac, H3K27ac, H3K27me3, H3K36me3, PolII, Klf4, Nanog, Oct4, Sox2が検証済みです。 〇わずか3日間、6ステージのシンプルなワークフロー これから3Dゲノム構造解析を始める方にも最適です。
製品概要
〇受託サービス 受託サービスでは、ヒト・マウスの細胞・組織サンプルを送付するだけで、ライブラリ調製からシークエンス、データ解析、レポート納品までをトータルで実施いたします。抗体はCTCF, H3K4me3, H3K27acから選択できます。
仕様
備考
〇ChIP-seq データとクロマチンインタラクションを、1つのライブラリで ー ChIP-seqのカバレッジとHiChIPのカバレッジを比較 ChIP-seqとHiChIPの間でカバレッジは非常に一致しており、さらにHiChIPでは、クロマチンコンタクト（弧線）が１つのライブラリに同時に捕捉されています。 さらにピークを拡大（赤点線）すると、HiChIPがChIP-seqよりも高解像度にヌクレオソームの周期性を捉えていることがわかります。 (図A) 〇様々な抗体、幅広い細胞インプット量で安定した性能を発揮 ー 1M、5M、10Mの細胞インプット量、4種類の抗体で作成したライブラリの比較 幅広い細胞インプット量で、CTCF、H3K4me3、H3K27ac、H3K36me3についてテストした結果です。抗体ごとにデータを比較すると、幅広いインプット量でほぼ同等の結果であることが確認されました。 (図B) 〇高いS/B比のクロマチン相互作用マップにより、より低いシーケンシングコストで高次構造を可視化 ー HiChIPとマルチRE Hi-CのCTCF周辺のコンタクトマップ HiChIPはCTCFを介したループなど、目的のクロマチン相互作用領域のみのシグナルをエンリッチするため、全てのクロマチン相互作用をバックグラウンドとするマルチRE Hi-Cと比べS/B比が向上し、シークエンシングコストを抑えることができます。 (図C)