Vega™システム
HiFiシークエンスを身近に
〇PacBio®ロングリードのコアテクノロジー PacBio®のロングリードシークエンシングテクノロジーは、1分子リアルタイム（SMRT®）シークエンシングテクノロジーを基盤としています。 この革新的なアプローチは、DNA複製という自然なプロセスを利用して、長い断片のネイティブなDNAをシークエンシングし、何百万ものウェルから同時にデータを取得することを可能にします。
製品説明
〇 Revio™システム ◆ロングリードシークエンシング◆ ・100-120Gb/SMRT cellの出力 ・最大4 SMRT cell同時ランが可能 ・最大2,500ヒトHiFiゲノム(x20)/年を解析 ・高精度なHiFiデータ をリーズナブルに：本体定価 3,880万円 (税別)、25万円/ラン (税別) ・実績あるHiFiテクノロジーを採用：従来と同様のライブラリ調製、解析ワークフローを使用可能 ・自分たちでシークエンス：データとプロジェクトスケジュールの最適化を管理可能 ・様々なアプリケーション：全長RNA、全ゲノム、ターゲットパネルなど 〇高精度なHiFiを手の届く価格とスループットで提供 HiFiシークエンスは、すべてのランで99.9%以上の精度を提供する唯一のロングリードテクノロジーです。HiFiリードはリードの長さと精度のトレードオフを解消し、最も複雑な生物学上の課題に取り組むことを可能にします。 Vegaは信頼性が確立され、2023年だけで1,000件以上の査読付き論文が発表され、世界中で1,200台以上が使用されているシークエンシングシステムであるPacBioの最新のシークエンサーです。 〇1つのシステムから得られる同水準のゴールデンスタンダードデータ VegaとRevioシステムは同様に高水準で一貫性のある正確なHiFiシークエンスデータを提供します。HiFiリードはゲノムの全領域をカバーし、最も完全で正確なアセンブリとバリアントコールを可能とします。複雑な領域を見逃す可能性のあるショートリードとは異なり、HiFiは全長の転写産物や難読領域にも対応します。どちらのHiFiシステムでも、低いカバレッジ要件で最高のゲノムを得ることができます。
製品概要
＜HiFiリードの利点＞ ・長いリード長 ・シンプルなライブラリ調製 ・低いカバレッジ要求度 ・計算時間を短縮可能な小さなファイルサイズ ・単一パイプラインにまとめられた解析ツール ・高精度なリード ・認定他社システムを利用可能なエンド to エンドのワークフロー ・単一のテクノロジーソリューション ＜HiFiリードでバイオロジーをより完全に理解する＞ 〇フェージング+5mCによ る包括的な変異検出 難読領域を含むSNV、InDel、構造多型、タンデムリピート伸長、メチル化などの全種類の変異に高精度でアクセス可能 〇全長RNAシークエンス 全長アイソフォーム、複雑な選択的スプライシング、融合遺伝子の解析 〇特定遺伝子のターゲット シークエンス PureTarget™、ハイブリッドキャプチャー、アンプリコンによる特定領域に限定したHiFi変異解析 〇微生物ゲノミクス マイクロバイオームとメタゲノムのキャラクタライズを行い、微生物群の理解を深める ＜2種類の消耗品による簡単なセットアップ＞ ・Vega SMRT CellはHiFiシークエンスの心臓部であり、リアルタイムで1分子の情報を取得する半導体デバイスを搭載しています。 ・Vega sequencing plateには必要なすべての試薬が含まれており、サンプルを分注し使用します。 ・Vega sequencing plateとSMRT Linkのラン設定が自動リンクされます。直感的なデザインと知覚による確認機能により、ミスや結果を得るまでのステップを減らすことができます。
仕様
■装置使用環境 ・温度：19–25℃ ・湿度：相対湿度20-80%、結露させないこと ・放熱量：4,250 BTU/hr (1,250 W) ・騒音：＜70 dBA ■寸法 ・W×D×H：55.7 cm × 69.5cm × 76.8cm ・重量：125 kg ■電源 ・必要電源：100-120 VAC、50-60 Hz ■計算機 ・ネットワーク接続：1 GbE ・装置オペレーションシステム：Rocky Linux 9.4 ・出力フォーマット：hifi_reads.bam; ~30 GB /ラン、年間; ~6 TB
備考
すべてのサンプルスループットは、Vegaシステムで1回あたり1個のSMRT Cellを使用した場合の推定値です。Vegaの年間スループットは、Vega SMRT Cellを200個使用した場合の値です。カバレッジ は、サンプルの質、ライブラリの質、フラグメントの長さによって異なる場合があります。現在入手可能な SMRTbell adapter index plates 96A-96Dには、合計384個のSMRTbell バーコード付きアダプターが含まれています。微生物のde novoアセンブリは、2 Gbの総ゲノムサイズの微生物に対しサンプルあたり30x必要という想定で計算しています。全長RNAシークエンスでは、Vegaで合計30Mリード取得することを想定しています。