Vega™システム
HiFiシークエンスを身近に
PacBio®のロングリードシークエンシングテクノロジーは、1分子リアルタイム（SMRT®）シークエンシングテクノロジーを基盤としています。 この革新的なアプローチは、DNA複製という自然なプロセスを利用して、長い断片のネイティブなDNAをシークエンシングし、何百万ものウェルから同時にデータを取得することを可能にします。
製品説明
〇 Revio™システム ◆ロングリードシークエンシング◆ ・100-120Gb/SMRT cellの出力 ・最大4 SMRT cell同時ランが可能 ・最大2,500ヒトHiFiゲノム(x20)/年を解析 ・高精度なHiFiデータ をリーズナブルに：本体定価 3,880万円 (税別)、25万円/ラン (税別) ・実績あるHiFiテクノロジーを採用：従来と同様のライブラリ調製、解析ワークフローを使用可能 ・自分たちでシークエンス：データとプロジェクトスケジュールの最適化を管理可能 ・様々なアプリケーション：全長RNA、全ゲノム、ターゲットパネルなど 〇高精度なHiFiを手の届く価格とスループットで提供 HiFiシークエンスは、すべてのランで99.9%以上の精度を提供する唯一のロングリードテクノロジーです。HiFiリードはリードの長さと精度のトレードオフを解消し、最も複雑な生物学上の課題に取り組むことを可能にします。 Vegaは信頼性が確立され、2023年だけで1,000件以上の査読付き論文が発表され、世界中で1,200台以上が使用されているシークエンシングシステムであるPacBioの最新のシークエンサーです。 〇1つのシステムから得られる同水準のゴールデンスタンダードデータ VegaとRevioシステムは同様に高水準で一貫性のある正確なHiFiシークエンスデータを提供します。HiFiリードはゲノムの全領域をカバーし、最も完全で正確なアセンブリとバリアントコールを可能とします。複雑な領域を見逃す可能性のあるショートリードとは異なり、HiFiは全長の転写産物や難読領域にも対応します。どちらのHiFiシステムでも、低いカバレッジ要件で最高のゲノムを得ることができます。
製品概要
＜HiFiリードの利点＞ ・長いリード長 ・シンプルなライブラリ調製 ・低いカバレッジ要求度 ・計算時間を短縮可能な小さなファイルサイズ ・単一パイプラインにまとめられた解析ツール ・高精度なリード ・認定他社システムを利用可能なエンド to エンドのワークフロー ・単一のテクノロジーソリューション ＜HiFiリードでバイオロジーをより完全に理解する＞ 〇フェージング+5mCによ る包括的な変異検出 難読領域を含むSNV、InDel、構造多型、タンデムリピート伸長、メチル化などの全種類の変異に高精度でアクセス可能 〇全長RNAシークエンス 全長アイソフォーム、複雑な選択的スプライシング、融合遺伝子の解析 〇特定遺伝子のターゲット シークエンス PureTarget™、ハイブリッドキャプチャー、アンプリコンによる特定領域に限定したHiFi変異解析 〇微生物ゲノミクス マイクロバイオームとメタゲノムのキャラクタライズを行い、微生物群の理解を深める ＜2種類の消耗品による簡単なセットアップ＞ ・Vega SMRT CellはHiFiシークエンスの心臓部であり、リアルタイムで1分子の情報を取得する半導体デバイスを搭載しています。 ・Vega sequencing plateには必要なすべての試薬が含まれており、サンプルを分注し使用します。 ・Vega sequencing plateとSMRT Linkのラン設定が自動リンクされます。直感的なデザインと知覚による確認機能により、ミスや結果を得るまでのステップを減らすことができます。
仕様
| ライブラリ | ランタイム※1 | Q30+ bases | HiFi収量/Vega SMRT Cell※2 | メチル化 |
|---|---|---|---|---|
| 0.5–5 kb | 12 hours | 95% | 6–8M reads | CpGサイトの5mC, 6mA (ネイティブDNA) |
| 5–10 kb | 24 hours | 90% | 25–50 Gb | |
| 10–15 kb | 50–60 Gb | |||
| 15–20 kb | 50–60 Gb |
2. HiFi収量は、ライブラリの質とシークエンシング調製手順に依存します。本仕様の収量は、ベストプラクティスに従って調製した高品質なサンプルに基づいています。
| 装置使用環境 | 温度 | 19–25°C |
| 湿度 | 相対湿度20-80%、結露させないこと | |
| 放熱量 | 4,250 BTU/hr (1,250 W) | |
| 騒音 | < 70 dBA | |
| 寸法 | W × D × H | 55.7 cm × 69.5cm × 76.8cm |
| 重量 | 125 kg | |
| 電源 | 必要電源 | 100-120 VAC、50-60 Hz |
| 計算機 | ネットワーク接続 | 1 GbE |
| 装置オペレーションシステム | Rocky Linux 9.4 | |
| 出力フォーマット | hifi_reads.bam; ~30 GB / ラン、年間; ~6 TB |
備考
| アプリケーション | カバレッジ期待値 | Vega SMRT Cell当たりのサンプル数 | 年間サンプル数 |
|---|---|---|---|
| アンプリコン | 50× | >1,000 | 200,000 |
| 微生物ゲノム | 30× | 384 | 75,000 |
| PureTargetリピート伸長パネル | 200× | 48 | 9,600 |
| Kinnex™ full-length RNA kitによる トランスクリプトーム |
10 million reads | 3 | 600 |
| ヒトゲノム | 20× | 1 | 200 |
| ヒトメチル化プロファイル | 5× | 4 | 800 |
Vegaの年間スループットは、Vega SMRT Cellを200個使用した場合の値です。カバレッジ は、サンプルの質、ライブラリの質、フラグメントの長さによって異なる場合があります。現在入手可能な SMRTbell adapter index plates 96A-96Dには、合計384個のSMRTbell バーコード付きアダプターが含まれています。微生物のde novoアセンブリは、2 Gbの総ゲノムサイズの微生物に対しサンプルあたり30x必要という想定で計算しています。全長RNAシークエンスでは、Vegaで合計30Mリード取得することを想定しています。