シングルセル(核)RNA/ATAC-seq解析

サンプル種類

・scRNA-seq ・snRNA-seq（シングル核シークエンシング） ・scRNA-seq：Seurat一式、サンプル間正規化付き（オプション） ・サンプル調製 ・データ解析

サービス種類

●QC & Filtering nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA（各細胞で確認されたRNA数）、percent.mt（ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合）といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。 ●次元削減＆clustering ・UMAP nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA（各細胞で確認されたRNA数）、percent.mt（ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合）といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。 ・Clustree クラスタリング数を制御しているパラメーター（resolution）を変化させたときにどのように細胞が分類されるかといったクラスタリングの過程、関係性を可視化します。

報告内容

実施内容 ・シーケンサー：DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000 ・取得リード数：600M reads/検体（解析細胞数が5,000の場合）※解析細胞数に応じて変動あり 納品物 ・作業報告書（サンプルQC〜ライブラリ調製） ・fastqファイル ・CellRanger解析結果（解析までのサービスの場合）

納期

6週間程度