配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneious

製品説明

Geneiousは、さまざまなバイオインフォマティクスツールを統合したマルチシーケンスデータ解析ソフトウェアです。コマンドラインは一切不要で、誰にでもわかりやすく簡単に、数多くの解析ツールをご使用いただけます。ツール間のファイルの移動や変換も不要なため、アラインメント、アセンブリ、マッピング、系統樹作成、アノテーション、BLAST検索、変異検出、発現解析などの解析を一括して行うことができます。

製品概要

〇ワークフローによる自動解析どなたが操作しても同じデータ解析フローを再現し、安定した結果を導き出す事が可能となります。自動化ワークフローはコマンドライン不要！自身で作成可能で、解析設定も自由に編集できます。〇アラインメント Clustal Omega, MUSCLE, MAFFTなど幅広いアルゴリズムを搭載しています。ヌクレオチド、アミノ酸どちらもアラインメントが可能で、アノテーションの付加や統計情報の表示、シークエンスの編集、変異/SNPs検出などが可能です。〇アセンブリ/マッピング変異、SNPs検出/発現量解析 Geneious独自、Tadpole、Velvetなどのアセンブラ、ロングリード対応のMinimap2マッパーなどを搭載し、さまざまなリードデータをアセンブル、マッピングすることが可能です。リードのトリムも簡単に設定できます。リファレンスシークエンスにマッピング後は、変異、 SNPs検出や発現量解析～CSV一覧までを容易に実行することが可能です。〇Minimap2によるショート/ロングリードシークエンスマッピング Minimap2は、Oxford NanoporeとPacBioのロングリードシークエンスをマッピングするのに適した汎用性の高いアライナーです。コマンドライン不要で、最大15％のエラーを含むリードデータをリファレンスシークエンスにすばやく簡単にアラインメントすることができます。〇系統樹作成シークエンスリストやアラインメントから、簡単に系統樹の作成が可能です。NJ、UPGMA、MrBayes、PhyML、GARLI、RAxML、FastTreeなど、さまざまなアルゴリズムを搭載しています。ノード同士の距離によるヒートマップ化やCSVの出力も可能です。〇プライマーデザインクローニング/CRISPRサイト検索複数領域のプライマーの同時作成、作成したプライマーの編集、プロダクトのシミュレートも簡単に実行可能です。二次構造、融点、GC含量も自動で計算されます。クローニングのシミュレートや、PlasMapperによるターミネーター、制限酵素サイト、レポーター遺伝子、アフィニティタグなどのアノテーションも可能です。コドン最適化機能も搭載しています。〇BLAST検索 Genbankや、ご自分で作成したカスタムデータベースに対してBLAST検索し、目的配列との相同性検索を行うことができます。ヒットした配列をアノテーション付きでダウンロードすることや、BLAST結果からアラインメントすることも可能です。〇データ選択範囲の⾃動数値計算インポートしたデータの核酸配列・アミノ酸配列を選択するだけで、選択範囲の数値データが⾃動的に計算＆表⽰されます。数値はコピー＆ペーストが可能です。⾃動計算データ例： Length (bp), Rough Tm (°C), Molecular weight (kDa), GC content (%), Nucleotide/AA/Codon frequency (%), Isoelectric point, Charge at pH 7, Extinction Coefficient 〇無料プラグインによる機能の拡張 Geneiousの解析を拡張するさまざまなプラグインが無料で提供されます。詳細は下記ページをご参照下さい。 https://www.geneious.com/plugins/

アセンブリ/マッピング変異、SNPs検出/発現量解析

BLAST検索

仕様

備考

〇よくあるご質問 Q Geneious　好きなデータベースを用いてシーケンスにアノテーション付けする方法 A アノテートしたシーケンスをお持ちの場合、そのアノテーションを他のシーケンスにマップすることができます。流れとしては、まずカスタムアノテーションデータベースを作成し、次にシーケンス上でアノテーションデータベース内のアノテーションを探します。 ■カスタムアノテーションデータベースの作成カスタムアノテーションデータベースを作成するには、Geneious内で新しいフォルダを作成し、そのフォルダ内にアノテーションされたシーケンスを入れて下さい。そのフォルダがカスタムアノテーションデータベースになります。 ■アノテーションの検索カスタムアノテーションデータベースを作成したら、下記の手順で、シーケンスのアノテーションを探します。 1．アノテーション付けしたいシーケンス(複数も可)を選択し、シーケンスビュー(アラインメントビュー)の右側の”Live Annotate & Predict”タブをクリックします。 2．”Annotate from”のボックスをチェックします。 3．Sourceラベルの隣のフォルダ名をクリックします。 4．ウィンドウが出てきたら、カスタムアノテーションデータベースとして作成したフォルダを選択し、OKを押します。 5．必要であれば、Similarity(相同性)を調整します。 6．かなり短いアノテーションをデータベースに入れている場合は、Advancedボタンをクリックし、Index Sequence Lengthを調整します。 7．Applyボタンをクリックします。 2015/10/23　記載 Q Geneious　どのような操作をすれば論文投稿に使用できるクオリティの図をエクスポートできますか？ A File→Save As Image File….から図をエクスポートできます。JPGやPNGフォーマットの場合、デフォルトの解像度がとても低いので、プリントした際に綺麗に見えるように400%まで上げると良いでしょう。また、JPGやPNGはドットで構成されているので、拡大するには向いていません。拡大しても綺麗なのは、PDF、EPS、SVGです。SVGはAdobe社のイラストレーターやInkscapeで編集することも可能です。EMFはWindowsでPowerPointを使用したり、MacやLinuxでLibreOfficeを使用したりして編集できます(MacバージョンのPowerPointではEMFは編集できません)。SVGやEMFはベクターフォーマットなので、図を微調整したり、説明を加えたり、綺麗なまま拡大したりすることができます。 2015/10/23 記載 Q Geneious　RNA-Seqデータを解析できますか？ A GeneiousにはRNA-SeqのマッパーであるTophatやBBMapのプラグインがあります。下記よりご希望の機能のプラグインをダウンロードし、Geneiousにドラッグ&ドロップして下さい。プラグインがインストールされ、RNAのマッピングが行えるようになります。 http://www.geneious.com/plugins また、Geneious R8以降では、遺伝子発現解析を行えます。ノーマライズされた発現値であるTPM、RPKM、FPKMを算出し、2サンプル間で発現差のある遺伝子を見つけます。各サンプルのTPM、RPKM、FPKMを算出するには、リファレンスアセンブリを選択してAnnotate＆Predict＞Calculate Expression Levelsを選択して下さい。結果はリファレンスシーケンスのアノテーショントラックにヒートマップとして出てきます。結果を保存してからリファレンスシーケンスを選択してAnnotate＆Predict＞Compare Expression Levelsを行うと、発現値の比較を行えます。 2021年2月16日更新 Q Geneious　アラインメント(alignment)、デノボアセンブリ(de novo assembly)、リファレンスへのマッピング(map to reference)の違いは何ですか？ A ペアワイズ/マルチプルアラインメントは、同じ遺伝子領域や遺伝子のシーケンスセット内でホモロジーを決定したい時に行います。この機能の目的は、ギャップを最小化することとシーケンスのホモロジーを最大化することです。そのため、ペアワイズ/マルチプルアラインメントは短いシーケンスを長いシーケンスにアセンブルしたり、長いシーケンスにプライマー配列をアラインしたりするのには向いていません。アセンブリはDNAシーケンスの重複のあるフラグメントを長いコンティグにまとめるのに有効な機能です。アセンブリを促進するために、既知のリファレンスシーケンスを使用して行う(リファレンスへのマッピング)こともあれば、既知のリファレンスシーケンスを使用せずに行う(デノボアセンブリ)こともあります。デノボアセンブリは一般的にリファレンスへのマッピングよりも計算量が多いので、大きいサイズのRAMが必要です。 2015/10/22　記載 Q Geneious　どうすればローカルにコピーしたNCBI nrやntデータベースに対してBLASTを行えますか？ A ずはカスタムBLASTの実行ファイルをGeneiousに入れます。Tools＞Add/Remove Databases＞Set Up BLAST Servicesをクリックし、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択します。Let Geneious do the setupにチェックを入れて、OKをクリックします。(既に行っている場合はこの手順は飛ばして下さい) 次に下記URL からnrデータをダウンロードします。 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ nrに関連する全ての.tar.gzをダウンロードするようにして下さい。これらを解凍し、カスタムBLASTのフォルダ(Tools＞Add/Remove Databases＞Add BLAST Databaseを選択し、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択して下さい。Create from file on diskを選択し、Browseボタンから指定できます)に入れます。上記が準備できたら、クエリーシーケンスを選択してBLAST＞Database でCustom BLASTのデータベースを選択し、目的のBLASTを行って頂けます。 2015/10/22　記載 Q Geneious　どうすれば自前のデータベースやNCBIでないデータベースに対してBLASTできますか？ A まずはカスタムBLASTの実行ファイルをGeneiousに入れます。Tools＞Add/Remove Databases＞Set Up BLAST Servicesをクリックし、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択します。Let Geneious do the setupにチェックを入れて、OKをクリックします。上記が終わったら、GeneiousにBLASTのデータベースを入れます。Tools＞Add/Remove Databases＞Add BLAST Databaseを選択し、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択して下さい。Create from file on diskを選択し、BrowseボタンからBLASTしたいシーケンスを含むFASTAファイルの場所を指定します。上記が準備できたら、クエリーシーケンスを選択してBLAST＞Database でCustom BLASTのデータベースを選択し、目的のBLASTを行って頂けます。 2015/10/22　記載 Q Geneious　Geneiousを使用した解析を論文投稿するには、どのような記載をすれば良いですか？ A Geneious R11以前をご利用の際には以下のように記載をしてください “Geneious x.x.x (x.x.xにはご利用のバージョンを記載) (https://www.geneious.com)” . Geneious Primeをご利用の際には以下のように記載をしてください: “Geneious Prime 20XX.x.x (20XX.x.x にはご利用のバージョンを記載). (https://www.geneious.com)” 2015/10/22　記載 Q Geneious　De Novoアッセンブリを行うにはどの程度のメモリーが必要ですか A 推定ゲノムサイズやカバレッジにより異なりますが、以下のページ下部に記載のグラフをご参照ください。 https://support.geneious.com/hc/en-us/articles/227534968-What-are-the-hardware-requirements-for-assembly-of-NGS-data-using-the-Geneious-de-novo-Assembler- 2017/02/24記載 Q Geneiousチュートリアル Genbankへの投稿 A Geneiousを使用したGenbankへのシーケンスの投稿方法をご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”Genbank_submission.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル Genbank_submission.tutorial_Japanese.zip Q Geneiousケーススタディ植物DNAの解析 A Geneiousを使用したBLAST、アラインメント、系統樹解析を、植物DNAを用いてご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”Plant_Molecular_Evolution_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル Plant_Molecular_Evolution_Japanese.tutorial.zip Q Geneiousケーススタディ DNA科学捜査 A Geneiousを使用したシーケンスデータによる科学捜査のケーススタディをご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”DNA_forensics.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル DNA_forensics.tutorial_Japanese.zip Q Geneiousチュートリアル CRISPR/Cas9 A Geneiousを使用したCRISPR/Cas9の結合・オフターゲットサイトの検索をご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”CRISPR_R9.tutorial_Janpanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル CRISPR_R9.tutorial_Janpanese.zip Q Geneiousチュートリアルサンガーシーケンスデータのアセンブル A Geneiousを使用したサンガーシーケンスデータのアセンブル方法をご紹介します。添付ファイルをダウンロードしてGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”Assembling_Chromatograms.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル Assembling_Chromatograms.tutorial_Japanese.zip Q Geneiousチュートリアル Gibson Assembly A Geneiousを使用したGibson Assemblyのプライマー作成、シミュレーション方法をご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”Gibson_assembly.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル Gibson_assembly.tutorial_Japanese.zip Q Geneiousチュートリアル BLAST検索 A Geneiousを使用したBLAST検索方法をご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”BLAST_Searching.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル BLAST_Searching.tutorial_Japanese.zip Q Geneiousチュートリアル遺伝子発現解析 A Geneiousを使用した遺伝子発現解析法をご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、Geneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”Expression.analysis JP”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。添付ファイル Expression.analysis JP20170327.zip Q Geneiousチュートリアルシーケンスによる分類 A Geneiousを使用したシーケンスによる分類学をご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”Sequence_classifier.tutorial_JP20151018″を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル Sequence_classifier.tutorial_JP20151019.zip Q Geneiousチュートリアルマイクロサテライト解析 A Geneiousを使用したマイクロサテライト解析方法をご紹介します。添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。ドキュメントビューワーに表示されている”Geneious Microsatellite Plugin Tutorial”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。【注意点】・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。添付ファイル Microsatellite_JP20150906.zip

参考資料

〇チュートリアルアプリケーションごとにチュートリアルが用意されています（英語）

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