Cas9によるDNA切断に必要な特定の塩基配列。 標的とするDNA配列の近傍に存在する。PAM配列は、生物系統やCRISPR-Cas9タンパク質の種によって異なり、S. pyogenes Cas9に対応する配列は「NGG」となる。
なお、DNAの4種類の塩基（ATGC）のうち、どれでもよい場合「N」と表す。